Chiến khu du kích Ngọc Trạo nằm về phía Bắc tỉnh Thanh Hóa, cách huyện lỵ Kim Tân (Thạch Thành) khoảng gần 15km. Đây là vùng đồi núi, tiếp nối với vùng rừng cấm nhà Nguyễn và lăng miếu Triệu Tường (xã Hà Long, Hà Trung). Từ đấy có thể theo đường núi đi tắt đến các xã của huyện Vĩnh Lộc và đi tắt về phố Cát để sang Ninh Bình; có thể nói đây cũng là một vị trí hiểm yếu.

Bản (làng) Ngọc Trạo có 7 xóm là: Đồng Cày, Ba Chạc, Mã Cọ, Bái Đình, Mộ Cuội, xóm Sậu và xóm Đình đều năm ven chân các ngọn đồi thoai thoải hình cánh cung. Dãy núi đá Yên Thanh, Con Phượng, đồi ông Thánh, đồi Ao nằm chắn về phía đông, đồi Ma mầu, Trạch Lôi, đồi Riềng, Mã nang bao quanh phía Bắc; đồi Mã Cọ, Tai Voi, đồi Sậu viền theo hình vòng cung và khép lại ở phía Tây. Nói chung, với địa hình đồi núi và rừng hiểm trở, việc đi lại Ngọc Trạo thời kỳ trước năm 1945 rất khó khăn, chủ yếu là theo các đường mòn ven núi rừng.

Từ sau hòa bình lập lại đến nay, nhà nước đã khai phá mở mang con đường từ huyện lỵ Kim Tân đến chiến khu cách mạng Ngọc Trạo; Vì vậy, mà các phương tiện ô tô, xe máy, xe đạp đều đi lại được thuận tiện.

Từ thành phố Thanh Hóa đến xã Ngọc Trạo, có thể đi theo hai trục đường chính từ Vĩnh Lộc hoặc Hà Trung - Bỉm Sơn lên chỉ với khoảng cách từ 42km.